序凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十附录附录
自序凡例（六则）卷一 中风门中风（类中导入）卷二 诸伤门伤寒暑（参绪论暑证）湿（湿热）燥火伤饮食劳倦虚损（传尸）卷三 寒热门发热热潮热恶寒（背恶寒）振寒战栗寒热疟厥卷三 诸气门上气郁痞满腹满水
虚劳总论虚劳脉法虚劳死候虚劳所宜及养生之法虚劳所忌饮食诸物虚劳选方保阴煎六味地黄丸左归丸左归饮回生丸清金散加味清宁膏噙化丸天王补心丹归脾汤逍遥散仲淳验方乳金丹坤髓膏白凤膏（自制）四圣丸卫生膏资生丸大黄
第1部分第2部分
简介《难经》简介论 脉 01-22难论经络 23-29难论脏腑 30-47难论 病 48-61难论穴道 62-68难论针法 69-81难
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
医脉摘要
序卷第一述增损旧方用药犯禁决述旧方合药法述看方及逆合备急药决治胸痹诸方治胸胁痰冷气满诸方治心痛腹胀满冷痛诸方治下利诸方治咳嗽上气诸气治气逆如奔豚状并诸汤方治虚满水肿诸方卷第二治头面风（论杂风状）诸方治
新刻《儒门事亲》序重刊《儒门事亲》序《儒门事亲》后序卷一七方十剂绳墨订一指风痹痿厥近世差玄说二立诸时气解利禁忌式三疟非脾寒及鬼神辩四小儿疮丹瘾疹旧蔽记五证妇人带下赤白错分寒热解六霍乱吐泻死生如反掌说七
序序二附录十二经见证不治已病治未病亢则害承乃制审察病机无失气宜能合色脉可以万全治病必求于本卷一中风一中寒二（附伤寒、伤风）中暑三（附暑风、注夏）中湿四瘟疫五（附大头天行病）火六卷二斑疹七疟八痢九泄泻十