凡例卷一九恨十三不可学十传摹看手指筋纹乃医家异教说治病不可关门杀贼说治病不可开门揖盗说汤方内更换药味说看病秘诀死症辨卓溪家传口诀推拿代药赋卷二阐明五脏生克以知补母泻子辨脐风辨胎寒辨胎热辨胎毒发丹辨胎惊
序一序二卷一运气（上）太极图论阴阳体象五行生成数解五行统论每日气数百刻六千分解四季日躔宿度昼夜长短刻数二十四气七十二候斗纲解十二辰次六合解二十八宿过宫歌二十八宿说中星岁差考奎壁角轸天地之门户说气数统论
本草图经序本草图经奏敕玉石上品卷第一玉屑玉泉（图缺），文具玉屑条下。丹砂空青曾青（图缺），文附空青条下。绿青扁青，文具绿青条下。石胆云母石钟乳殷孽，文具石钟乳条下。孔公孽，文具石钟乳条下。石花，文具石
卷一脏腑经络先后病脉证第一痉湿病脉证并治第二卷二百合狐惑阴阳毒病脉证并治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证并治第五血痹虚劳病脉证并治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证并治第七卷三奔豚气病脉证并治第八胸痹心痛短
黄帝内经素问校义
伤寒类方
串雅内外编
原序自序卷一脉论辨五脏六腑部位脉法辨人迎三部趺阳九候五脏六腑脉法诊诸病证脉法辨脉形及变化所主病证法卷二寒证热证风食风湿疟疾痹证劳伤气病血证卷三诸积诸痛眩晕厥证痰饮消证疸病卷四咳嗽喘证呕吐小便妇人科
验方徐果亭先生试验神方送蛋药酒方（男人服）种子红药连城丸老奴丸（一名苍龙丸）又种子奇方种子金丸种子金丸如意线方长龟方（一）秘传壮阳固精酒奇妙方涤痿兴阳汤安息香闻香起马方治腰痛神方补腰益肾壮元阳补血气圣
卷上·正编风病诸候上风偏枯候风失音不语候风口候风四肢拘挛不得屈伸候风身体两足不随候风鳅手足不随候偏风候风不仁候风湿痹候风湿候风鳅候风惊候风病诸候下风冷候头面风候风头眩候风癫候风邪候鬼邪候风瘙身体隐轸候